La antigua Colegiata de los Santos Justo y Pastor, elevada a Catedral en 1991 al escindirse el obispado de Alcalá del de Madrid, es uno de los monumentos más importantes de la ciudad por su historia. Aunque un incendio durante la guerra civil española afectó gravemente al edificio, el templo, restaurado en la segunda mitad del siglo XX, conserva la belleza del estilo gótico en el que fue construido. Destacar el título de Magistral que le otorgó el papa León X en 1519.

Sus orígenes se sitúan en el pasado romano de Alcalá, cuando en el año 305 d.C. fueron decapitados dos niños complutenses llamados Justo y Pastor que se negaron a adoptar la fe pagana. Ya a comienzos del siglo V, el obispo de Toledo Asturio descubre sus restos y establece un lugar de culto en el sitio de la ejecución. Este lugar de culto se iría engrandeciendo con el paso de los siglos y hará que la población cristiana de Complutum se desplace a sus inmediaciones.

En 1099 y tras la reconquista de Toledo, el Arzobispo consigue que Alcalá forme parte de su diócesis, perdiendo su independencia hasta su restablecimiento en 1991. Convertida en parroquia, la iglesia de los santos Justo y Pastor alcanzó la dignidad de Colegiata en 1477 gracias al Arzobispo Carrillo y en 1519 el papa León X le otorgaría el título de Magistral solicitado por Cisneros y que implicaba que los miembros del Cabildo debían tener al menos el título de Magister (Maestro en Teología). El Cardenal Mendoza primero y después el Cardenal Cisneros se encargarían de su reconstrucción en forma de templo gótico al que se añadirán el claustro, la sala Capitular y la capilla de San Pedro en el siglo XVII. Ya en el siglo XVIII se producirá su transformación barroca con los retablos e imágenes procedentes de los bienes incautados a los jesuitas.

A principios del siglo XX se llevaron a cabo varias modificaciones, incluyendo la restauración tras el incendio sufrido en 1936, hasta la última intervención de los años 90 que le han dado su aspecto actual.